Kelahiran pesantren memiliki tugas yang bersifat normatif dan historis. Secara historis,  pesantren dilahirkan untuk memberikan respon terhadap situasi dan kondisi suatu masyarakat yang telah dihadapkan pada runtuhnya sendi-sendi moral, melalui transformasi nilai yang ditawarkan (amar ma’ruf nahi munkar). Kehadirannya dengan demikian bisa disebut sebagai agen perubahan sosial (agent of social change), yang selalu melakukan kerja-kerja pembebasan pada masyarakatnya dari segala keburukan moral, penindasan politik, pemiskinan ilmu pengetahuan, dan bahkan dari pemiskinan ekonomi. Secara normatif, didirikannya pesantren adalah untuk menyebarluaskan informasi ajaran tentang universalitas Islam ke seluruh pelosok nusantara yang berwatak pluralis, baik dari dimensi kepercayaannya, budaya maupun kondisi sosial masyarakat.

Oleh karena itu, pendidikan pesantren memfokuskan pada kajian kitab kuning secara mendalam dan komprehensif di satu sisi dan di sisi yang lain mencetak para pendakwah yang memiliki karakter yang kuat sebagai juru dakwah dan teladan di tengah-tengah masyarakat. Pendidikan pesantren sejak awal berusaha untuk menyeimbangkan antara kekuatan spiritual, intelektual dan moral dalam diri setiap lulusannya. Dalam teori-teori pendidikan lahir juga model kecerdasan seperti Kecerdasan Spiritual dan Kecerdasan Emosional.