Perkembangan pesantren dalam bentuknya yang terkini telah berhasil mamasukkan cara berfikir saintifik dalam model pembelajaran pesantren. Pertemuan sains dan studi keislaman di pesantren dikemas dalam istilah “IPTEK” dan “IMTAQ”. Semangat moderasi pesantren dalam merespon perkembangan sains dan teknologi tidak terlepas dari munculnya semangat Islamisasi Ilmu Pengetahuan yang digelorakan para pemikir Islam Kontemporer seperti Raji Al-Faruqi, M. Naquib al-Attas, Nurkholis Madjid, Baiquni, dan Amin Abdullah serta tokoh-tokoh pemikir Islam lainnya.

Islamisasi ilmu berangkat dari gerakan kritis melihat perkembangan Ilmu Pengetahuan yang melenceng dari etika dan moral yang bersumber dari ajaran Islam. Dampak langsung yang dirasakan di dunia Islam adalah sekularisme. Pemisahan antara agama dengan ilmu pengetahuan adalah hasil dari perkembangan ilmu yang tidak sesuai dengan ajaran Islam. Berangkat dari kegelisahan inilah, Islamisasi pengetahuan digulirkan dengan berbagai cara. Islamisasi ilmu pengetahuan merupakan langkah dalam menciptakan suatu peradaban Islam dalam dunia ilmu pengetahuan.

            Urgensi Islamisasi Ilmu telah dijabarkan oleh Zaki Afifi, dalam tulisannya, Islamisasi Ilmu (Kajian Epistemologis-Historis). Menurut Zaki Afifi, aspek terpenting dalam dikotomi ilmu dan agama adalah aspek epistemologis dan historis yang membentuk konsep integrasi keilmuan. Penelitian dengan pendekatan kepustakaan ini berusaha untuk menguraikan permasalahan dikotomi keilmuan dan konsep islamisasi ilmu secara epistemologis dan historis sebagai salah satu konsep-konsep integrasi keilmuan. Penelitian ini mengungkap bahwa permasalahan dikotomi keilmuan disebabkan oleh pembaratan keilmuan. Gagasan Islamisasi Ilmu merupakan solusi atas permasalahan ini karena itu berarti mengembalikan ilmu pada fitrahnya (integratif dan berketuhanan).