Lembaga pendidikan pesantren bercirikan empat unsur penting, yaitu Kyai, Santri, Masjid, dan Asrama. Pada awal perkembangan pesantren, Kyai pesantren menjadi sosok sentral pesantren yang menjadi daya tarik bagi santri. Pesantren tidak mengundang santri ke pesantren, tetapi para santrilah yang datang untuk belajar menuntut ilmu kepada kyai tersebut. Sebagai sebuah konsekuensi dari berkumpulnya banyak orang maka muncullah asrama untuk ditempati para santri, dan masjid sebagai pusat pembelajaran santri. Model pembelajaran belum menggunakan sistem klassikal tetapi menggunakan model berhadap-hadapan antara Kyai dengan santri (Sorogan) atau model pemberian materi secara berjamaah tanpa mengenal tingkatan pendidikan.