Pendidikan pesantren pada awal berdirinya lebih berbasis pada pendidikan masjid dan pendidikan kyai yang berbasis kitab kuning. Ketuntatasan pembelajaran didasarkan pada ketuntasan kitab kuning daripada ketuntasan berdasarkan kelas. Dari segi metodologi pembelajaran, Karel A. Steenbrink dalam Pesantren Madrasah Sekolah, Pendidikan Islam dalam Kurun Modern memberikan gambaran tentang kondisi pesantren yang lebih menitikberatkan pada pembelajaran keagamaan dengan metode hafalan yang dominan.